Notre tube digestif héberge une communauté microbienne appelée microbiote, dont le potentiel génétique est d’une richesse et d’une diversité considérables. Le microbiote se constitue progressivement après la naissance pour atteindre une composition proche de celle de l’adulte vers l’âge de trois ans. Véritable organe situé à l’interface du bol alimentaire et de la muqueuse intestinale, le microbiote façonne de nombreux aspects de notre physiologie. L’étude de sa participation au dialogue entre l’intestin et le cerveau est un champ de recherche en émergence. Des travaux menés chez des rongeurs de laboratoire montrent que l’absence de microbiote intestinal affecte la biochimie du cerveau et le comportement de l’hôte, et suggèrent un processus coévolutif du microbiote et de certaines structures cérébrales en période néonatale. Ces données fondamentales ont suscité des recherches sur le rôle du microbiote intestinal dans la physiopathologie de troubles du neurodéveloppement. Les premiers résultats montrent en particulier que les troubles du spectre autistique s’accompagnent de dysbioses du microbiote intestinal et que la correction de ces dysbioses, tout au moins chez des modèles animaux, permet d’atténuer les troubles du comportement.