Les découvertes récentes en médecine ont permis de comprendre que l’être humain était assimilable à un « holobionte », c’est-à-dire à un super-organisme composé non seulement de son propre matériel génétique, mais aussi de celui des micro-organismes qu’il abrite, appelés microbiotes. Le microbiote humain, comprenant principalement le microbiote intestinal mais aussi celui de la peau, de la bouche, et des voies respiratoires, joue un rôle crucial dans le maintien de l’équilibre physiologique. Les déséquilibres dans ces communautés microbiennes, appelés dysbioses, sont associés à diverses maladies comme le diabète de type 2 et les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin. La pharmacomicrobiomique, une discipline émergente, explore comment les médicaments interagissent avec les microbiotes, notamment le microbiote intestinal, en influençant leurs compositions et leurs fonctions, et comment ces interactions affectent l’efficacité et la tolérance des traitements. Certaines molécules, comme la digoxine, peuvent être inactivées par des bactéries intestinales spécifiques, tandis que d’autres, comme la sulfasalazine, nécessitent l’action bactérienne pour être activées. Ces découvertes ouvrent la voie à des stratégies thérapeutiques plus personnalisées afin d’ajuster la composition du microbiote et d’améliorer les réponses aux traitements. En outre, l’identification de biomarqueurs microbiens pourrait permettre d’adapter les posologies des médicaments en fonction de la composition individuelle du microbiote pour une médecine de précision.