L’homme (tout comme les plantes et les animaux) est actuellement considéré comme un holobionte, c’est-à-dire un être vivant constitué de ses propres cellules mais aussi de l’ensemble des microorganismes qui lui sont associés. Cet ensemble que l’on désigne sous le terme de microbiote est composé de bactéries, d’archées, de champignons et les protozoaires mais aussi de virus (dont une grande part de virus de bactéries nommés bactériophages). Le terme microbiome représente l’ensemble des micro-organismes et leurs gènes associés à un écosystème donné, englobant à la fois le microbiote et leurs activités métaboliques potentielles, déterminées grâce à la métagénomique associant séquençage global à haut débit et bio-informatique [1]. L’ensemble des muqueuses et de la peau de l’homme sont colonisées par des microbiotes spécifiques pour chaque niche écologique. L’intestin humain héberge une densité microbienne exceptionnelle, estimée entre 3 × 10¹³ et 10¹⁴ bactéries, correspondant à environ 500 à 1 000 espèces différentes par individu, dont 160 dominantes. En fonction du pH, de la tension d’oxygène, des sécrétions de l’hôte et des activités digestives dans l’intestin, différents micro-organismes colonisateurs dominants sont présents. Sa composition présente une forte variabilité interindividuelle, largement modulée par des déterminants tels que l’alimentation, l’âge, le mode de vie, les conditions environnementales ou encore l’exposition à des traitements médicamenteux, en particulier les antibiotiques. Malgré cette variabilité interindividuelle, il existe un socle commun ou core phylogénétique présent chez la majorité des individus, dominé par les phylums Firmicutes/Bacillota et Bacteroidetes/ Bacteroidota, auxquels s’ajoutent, en proportions moindres, les Actinobacteria et les Proteobacteria, avec des genres récurrents tels que Bacteroides, Faecalibacterium, Ruminococcus et Bifidobacterium. Au-delà de cette hétérogénéité taxonomique, il existe un noyau fonctionnel partagé, défini comme un ensemble de capacités métaboliques conservées entre les individus. Ce noyau assure des fonctions physiologiques essentielles, incluant la fermentation des substrats non digestibles, la synthèse de vitamines et d’acides gras à chaîne courte (AGCC), le maintien de l’intégrité de la barrière intestinale ainsi que la régulation des réponses immunitaires, la protection contre les agents pathogènes et de l’axe microbiote-intestin-cerveau [2, 3]. La définition d’un microbiote/microbiome intestinal « sain » a évolué au fil du temps et est encore très insaisissable en raison des interprétations variées de « sain » et de la grande complexité des interrelations entre le microbiote et son hôte [4].