On entend par microbiote l’ensemble des espèces de microbes qui se trouvent à un endroit donné. Les plantes sont peuplées de microbes comme tous les grands organismes, on peut trouver dans 1 gramme de feuilles plus de 100 millions de bactéries et une dizaine d’espèces au moins de champignons différents. Chez l’homme, on pense aujourd’hui qu’il y a autant de cellules de microbes que de cellules humaines ; simplement elles sont un petit peu plus petites, elles prennent un tout petit peu moins de place et sont donc bien peu visibles. Le microbiote des plantes est différent de celui des animaux, notamment celui de l’homme. Il s’en distingue par au moins 2 particularités.