L’homme est associé à une communauté microbienne complexe et dynamique où coexistent bactéries, archées, eucaryotes, ainsi que des virus. Les bactéries, dont le nombre a été longtemps considéré comme 10 fois supérieur aux cellules eucaryotes, ont été récemment réévaluées à environ 3,8 10¹³, soit dans un rapport similaire à celui des eucaryotes de l’organisme humain, faisant de l’hôte une symbiose avec son microbiote. La majorité du microbiote réside dans l’intestin, essentiellement le côlon, où il est caractérisé par son haut niveau et sa large diversité. Le nombre d’espèces bactériennes a été évalué à plus de 500 espèces par individu, soit environ 25 fois le génome humain. Ce microbiote est en contact permanent avec les nutriments et les cellules de l’hôte, et si ces relations micro-organismes-hôte ont longtemps été regardées essentiellement sous l’angle de la pathogénicité, le microbiote commensal est aujourd’hui reconnu pour ses interactions bénéfiques en faisant un véritable partenaire de l’hôte. Il est ainsi considéré comme un véritable organe, ouvert, métaboliquement adaptable et rapidement renouvelable.