La relation structure activité consiste à analyser la nature et l’importance des relations existant entre : la structure chimique, la conformation spatiale, les influences  électroniques d’une molécule d’une part et son activité biologique d’autre part.

Par exemple l'huile essentielle de gaulthérie riche en salicylate de méthyle proche de l’aspirine, permettre de lutter contre les rhumatismes, lumbagos, sciatiques, entorses, foulures…

Les huiles essentielles sont des composés bien spécifiques car la plupart d’entre elles sont constituées d'un mélange assez complexe de monoterpènes, de sesquiterpènes, d'alcools, d'esters, d'aldéhydes, d'oxydes, etc. En outre les huiles essentielles donnent aux plantes leur odeur distinctive, protègent la plante et jouent un rôle dans leur pollinisation.

Elles sont réparties dans quelques familles botaniques bien spécifiques, la reine des familles de plantes à huile essentielle étant la famille des Lamiacées devant les Astéracées, Apiacées, Poacées, Rutacées, Lauracées et Magnoliacées et Myrtacées.

À une structure active donnée correspond un type de récepteur biologique spécifique et de la stéréo fixation sélective découleront des effets généraux et particuliers de ces molécules actives.