Le microbiote intestinal est composé d’une communauté microbienne diverse et complexe contribuant à la santé humaine. Cette communauté de micro-organismes comprend des bactéries, des archées, des virus, des protozoaires et des champignons répartis dans tout le tractus gastro-intestinal. Cette écologie microbienne dépend de l’âge de l’hôte, de ses paramètres génétiques, de son état physiologique ou pathologique, ainsi que de l’exposition à divers facteurs environnementaux (alimentation et médicaments). Le microbiote intestinal exerce des effets importants sur l’homéostasie¹ de l’hôte, notamment la digestion des fibres alimentaires, la synthèse des vitamines, le maintien de l’intégrité de la barrière intestinale et la régulation du système immunitaire [1].